Adana Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen FETÖ/PDY soruşturması  kapsamında, Mustafa Çay ile ağabeyi Nurettin Çay hakkında 15 yıla kadar hapis  istemiyle hazırlanan iddianame, Adana 11. Ağır Ceza Mahkemesince 3 gün önce kabul  edilmişti.
 
İddianamede, Çay'ın makamındaki aramada, "21 Ağustos 2015 tarihinde  yapılan sözde istişare toplantısında toplanan 61 bin liranın dolara çevrilerek  'İbrahim Hoca' isimli kişiye teslim edildiğine ilişkin belgenin bulunduğu bilgisi  yer aldı.
 
Çay'ın, bu toplantıda, "himmet" adı altında belediye kaynaklarından 28  bin 500, şahsi hesabından da 11 bin lirayı örgüte aktardığı kaydedilen  iddianamede, Çay ve ağabeyine ait yerlerde bir dolarlık banknotlar ele  geçirildiği vurgulandı.
 
Ayrıca iddianamede, eski belediye başkanı Çay'ın evinde terör örgütü  elebaşı Fetullah Gülen'in konuşma CD ve kitaplarının bulunduğu da bildirildi.
 
FETÖ'cü yazara biyografisini yazdırıp 10 bin 500 lira ödemiş
 
Pozantı Cumhuriyet Başsavcılığınca alınan ve iddianamede yer verilen  ifadesinde Çay, 25 Temmuz 2016'da FETÖ/PDY soruşturması kapsamında tutuklanan  yazar Aytekin Gezici'ye, tutuklanmadan önce biyografisini yazdırdığı ve buna  karşılık belediye kaynağından 10 bin 500 lira ödeme yaptığını anlattı.
 
İddianamede, Çay'ın ifadesinde, biyografisini yazan Gezici'nin talebi  üzerine Pozantı'yı konu edinen "Portakal Çiçeği Dergisi"nin 3 bin 500 adet  bastırılarak belediye bütçesinden 10 bin 500 lira karşılığında satın alındığını  belirttiği aktarıldı.
 
FETÖ/PDY soruşturması kapsamında gözaltına alındıktan sonra adli  kontrol şartıyla serbest bırakılan eski Pozantı Belediye Başkanı Mustafa ve  kardeşi Nurettin Çay, savcının itirazı üzerine 5 Ağustos 2016'da tutuklanmıştı.
 
Çay, İçişleri Bakanlığınca   Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile  görevden alınmıştı.