Yeni Cumhurbaşkanlığı hükümet sisteminde, teknokrat ağırlıklı bir kabine oluşturuldu.
Ancak bakan ataması yapıldıktan sonra, bakan yardımcıları ve genel müdür atamaları dahi, Cumhurbaşkanlığınca belirlendi. İşte sistemi tıkayan da bu uygulama oldu.
"ONU DA CUMHURBAŞKANI ATADI, BENİ DE"
Zira bazı Genel Müdürlerin, kendi bağlı olduğu bakanının talimatlarını "Onu da Cumhurbaşkanı atadı, beni de" bakış açısıyla yerine getirmediği görüldü. Bu nedenle de, bakanların kendi teşkilatı üzerindeki otoritesi azaldı. Bazı bakanlıklarda ise bakanların çalışmak istemediği genel müdürleri ve daire başkanlarını görevden alamadığı, görevden alınmak istenen bürokraların siyasi baskıyla bakanları baskıladığı durumlar ortaya çıktı.
Herkes kendini bir şekilde Cumhurbaşkanlığına bağlayınca, bakanlıklarda işler yürümez oldu.
Kamu yönetimindeki sorunları gözlemleyen bir çok bürokrat, Cumhurbaşkanlığının, Başbakanlıktan daha ileri bir şekilde idari mekanizmada yer almasının, Bakanlıklara insiyatif tanımamasının merkeziyetçiliği artırdığını, tüm sorunlara çözümün Cumhurbaşkanlığından beklenmesinin ana sorun olduğuna dikkat çekiyorlar.