Tünel tür afet senaryoları göz önünde bulundurularak tasarlandı. Tünel, ana Marmara fayında oluşabilecek 7.5 büyüklüğünde bir depreme göre inşa edilirken, Boğaz'ın altındaki sistem,İstanbul'da 500 yılda bir görülebilecek en büyük depremde bile hasarsız hizmete devam edebilecek, 2 bin 500 yılda bir meydana gelme olasılığı olan depremdeyse küçük bakımlarla hizmete açılabilecek.